营改增后，支付给其他纳税人的支出应按照规定计算进项税额，从销项税额中抵扣。但由于原营业税差额征税扣除范围较广，差额征税在营改增后的多个行业中都还有所保留。

1、可扣减成本的计算。如果"有效凭证"中有适用税率分别有3%、6%、17%等不同税率的发票，在差额征税计算可扣除的成本时应以汇总成本金额/(1+6%)*0.06来扣除。

2、差额征税额=(不含税收入-可扣减成本)/(1+税率)*税率-可抵扣的进项税

增值税一般纳税人一般计税方法的项目，异地预缴有分包项目，预缴时收入减分包2%，申报时是通过分包方开具的增值税专用发票认证抵扣来解决分包扣除问题，所以不能重复从销售额中扣减。而简易计税方法不存在进项税抵扣问题，所以，简易征收申报时却能减分包款。